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  熒光顯微鏡是免疫熒光細胞化學的基本工具。它是由光源、濾板系統和光學系統等主要部件組成。是利用一定波長的光激發標本發射熒光，通過物鏡和目鏡系統放大以觀察標本的熒光圖像。

熒光顯微鏡以紫外線為光源，用以照射被檢測物體，使之發出熒光，然后在顯微鏡下觀察物體的形狀及其所在位置。熒光顯微鏡用于研究細胞內物質的吸收、運輸、化學物質的分布及定位等。細胞內有些物質，如葉綠素等，受紫外線照射后可發熒光；另有一些物質本身雖然不發熒光，但如果用熒光染料或熒光抗體染色后，經紫外線照射亦可發熒光。

熒光顯微鏡與普通顯微鏡的區別主要有以下三點：

1.照明方式通常為落射式，即光源通過物鏡投射于樣品上； 　　

2.光源為紫外光，波長較短，分辨力高于普通顯微鏡； 　　

3.有兩個特殊的濾光片，光源前的用以濾除可見光，目鏡和物鏡之間的用于濾除紫外線，用以保護人目。 　　

熒光顯微鏡也是光學顯微鏡的一種，主要的區別是二者的激發波長不同。由此決定了熒光顯微鏡與普通光學顯微鏡結構和使用方法上的不同。